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大木博士看向四周的幻影神奇宝贝，一脸温和道：“确实所有的神奇宝贝们都有不同的属性、长处和短处，但这并不是你所说的缺陷，而是个性！”
“即使在同种类的神奇宝贝之间，也会有他们个性上的差异，摧毁他们的个体特征，这个想法真是不可理喻。”
“神奇宝贝们是存在大自然中的生物，甚至可以说是他们代表了自然，你绝不可以破坏这种平衡。”大木博士一阵慷慨激昂的讲话。小炫自顾自的鼓掌叫好，不过眼睛一直看着梦幻。
梦幻察觉到了小炫的目光，冲小炫笑了笑。
小炫一惊，这只梦幻有自己的意识，真是神奇。
“不愧是大木博士，真是一场有趣的神奇宝贝讲座啊！”主谋者感叹。
“但是，在你听过我绝妙的计划之后，也许会改变想法的。”主谋者对着控制台一阵操作。
一个巨大的玻璃罩中，闪过白光，仿佛要出现什么东西。
“这是…”大木博士不确定。
另一边，小智和小霞成功潜入城堡，遇到了火箭队，真是人生何处不相逢。
小智一行人身影出现在实验室的屏幕上。
“小智、小霞！”大木担心道。
“果然还是来了，让我好好利用吧。”主谋者操作装置，幻影神奇宝贝都消失了，梦幻的身影没有了遮挡物，出现在了面前。
“你又出现了啊！”主谋者好像早就知道梦幻的存在。
“难道…你是梦幻，是梦幻吧！”大木博士惊讶。
梦幻飞到大木博士身边，来回转悠，好像在表示友好。
“初次见面，我是大木。”大木博士向梦幻打招呼。
突然，一道雷电击中梦幻，梦幻倒在地上。
“啊！梦幻！”大木博士担心道。
小炫急忙抱起地上的梦幻，怒道：“你怎么可以这样对待他！”
“你干嘛突然下手这么狠！”大木博士怒道。
“这与你们无关，那梦幻纯粹是一件失败品，立刻给我消失。”主谋者看向梦幻。
在小炫怀中的梦幻，挣脱了小炫的怀抱，看了众人一眼就离开了。
“梦幻！”
屏幕中，火箭队被打飞，小智和小霞被幻影神奇宝贝抓住。
在押运的过程中，两人都逃走了，只有皮卡丘被捉了回来。
皮卡丘被放在一个仪器上面，主谋者一阵操作。
“幻影的主谋者，你要对皮卡丘做什么！”
“我正在从皮卡丘的记忆中取出神奇宝贝的资料，既然你不愿意将数据提供给我。”主谋者摸了摸装皮卡丘的仪器。
小智一行人救到了大木博士和小炫，众人逃离了城堡。
主谋者也追了出来，幻影超梦跟着。
众人感到压力山大，幻影超梦的实力太强大了，根本没有赢的可能。
其实山梨研究所的密码是山梨博士给小炫的，山梨博士有意让小炫继承他的衣钵，可是小炫干着干着就走人了，这件事就不了了之。
小炫看着荣格博士与超梦，平静的说：“荣格博士，你知道我为什么会给你山梨博士数据库的密码吗？”
“哦，为什么？”胜券在握的荣格博士，对于小炫的话起了兴趣。
“其实，我一开始就觉得你不对劲了，不过我想看看你究竟在做什么，能做到什么地步，可惜没有达到我想要的结果。”小炫一脸高深莫测。
“现在，这场闹剧该结束了。”
“路卡利欧！”小炫大喊。场面瞬间寂静无声，小炫尴尬万分，如果头顶上再有几只乌鸦，小炫都没脸见人了。
“轰！”城堡中发出惊天巨响。
最后一系列事情之后，幻影装置被破坏，整个城堡一片大火，荣格博士消失在大火中。
在茵郁市击败了茵郁道馆的娜琪，获得了白羽徽章。打败了之后一路挑战了道馆与华丽大赛，除了对战四天王的源治，爆发出极限力量，除了沙奈朵没上，其他的三只都上了，之后的小炫机缘巧合下获得了一只火稚鸡，终于凑齐了向芳缘联盟挑战的六只神奇宝贝。
小炫继续旅行，然后参加了两次华丽大赛，获得两枚缎带勋章，可以参加华丽大型庆典。
在华丽大型庆典上险胜罗伯特，成为了顶尖协调训练家。
在彩幽大会中，一路奋战，不断战斗，击败哲也，拿到了冠军