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在突围中，一发炮弹突然命中了施琅急行中的座船船仓。仓内的舵手被当场轰成了渣滓碎肉，炮弹起落间溅起的火星将船仓内的火药点燃了，一阵连环爆炸后，整艘船顿时陷入了漫天大火之中，由于事发仓促，准备不足，火势迅速蔓延，将船帆也连带着烧着了，船上的清兵们救援不及，没了船帆的辅助，船的航速越来越慢，立马被后面尾追的明军船只围上了。
站在甲板上的施琅已经清楚地认识到了这场最终较量的胜负，他拒绝了手下提出的乘小船继续突围的建议，仰天长叹一声，拔剑自杀。终为明军所败！施琅带着满腔的不甘，随着他已经被大火烧毁了的旗舰一起沉入了这片让他折戟沉沙的北江中。一个未来帮助清廷攻下台湾，覆灭郑氏政权的绝世枭雄，在穿越者的蝴蝶效应下还没来得及崭露头角就离开了历史的舞台，也算造化弄人了。
先锋和统帅的相续死去，清军水师已经没人领导成了一片散沙，在明军船队的连番攻击下他们终于成功发展成了大溃败。
经过一番搏斗，此次清军参战的全部八艘大型战船中，除了五艘一开始即被火船搭住焚毁，还有包括施琅座船在内的两艘大战船则在突围中被明军火炮击沉或触礁被击沉。
明军在废掉了清军水师七艘大战船的同时还活捉了一艘大战船。在追击过程中，明军的船只围上清军的那艘大战船后，纷纷跳帮而上，与船上的清兵展开肉搏战，奋力厮杀，最后将船上的清兵连同那艘大型战船成功作为战利品掳获，实现了对清军的大型战船俘获为零的突破。加上被明军俘获的，清军水师中的八艘巨无霸全部熄火了。
其他的中小型战船在追击过程中不少直接被明军的火炮击沉，船上上千名清军葬身北江，此时天空被火焰映红，江水也几乎被鲜血染红，炮火与硝烟将原本宁静的江面烧成了沸腾的地狱，其场景之恐怖不可名状，所幸的是一切都结束了，明军水师胜了。
随着招降令的颁下，除了二十几艘中小型战船侥幸逃掉外，其余被围住的战船不是被俘获就是投降了明军。
此次北江水战，明军水师共击毁清军七艘大型战船、掳获一艘，击毁中型战船五十余艘，俘获二十余艘，小型战船无数，俘虏清兵八百余人，烧死与淹死的不计其中。除此之外还缴获红夷大炮十门，弗朗机火炮八门，虎蹲小炮四十余门，鸟铳四百余杆，弓箭、刀枪、火药等无算，遗憾的是没有军国利器铁甲，只有皮甲几十副。
明军一方，几次水战下来，共阵亡军士三百二十二人，重伤三百五十余人。伤亡主要是之前派勇士乘火船冲锋时，还有交战初期，前锋水师被围杀造成的，战船上，损失了一艘大战船，十四五艘中型战船，还有三十余艘小战船，大多是交战初期，前锋被清军主力水师追逐围困那会儿损失的。
好在水战胜利，俘获了不少清军的船只，其中有不少还是完好无损的，可以快速补充到水师部队中去，只要让水师营兵们操作几天，立马就能形成战力。
永历元年，清顺治四年（1647年）四月下旬，历时几日的水战终于在北江横石矶以明军水师取得大捷为最终结果，画下了圆满的句号。在这场水战中，水盗出身的统制官余龙大胆试用了新式火攻战法大破精于水战的清军施琅部水师，侥幸之余效果确实显著，天子论功行赏，余龙位居首功，特赐昭毅将军印，以资鼓励。在这之前陆师都统制焦琏已因屡立战功，被赐龙虎将军印，副统制吴继嗣被赐定国将军印，至此余龙成为天子亲军中除了此二人后第三个被赐将军印的大将。
军队稍稍休整了一两天后，朱由榔授令余龙指挥明军水师马不停蹄，趁胜前进！
清军统帅李成栋此次派来围剿的四千水师虽然几近全军覆没，但陆师主力还在，明军的一万侍卫亲军论野战暂时还不是李成栋军的对手，所以直接指挥侍卫马步军前往清远解围并不稳妥，搞不好被李成栋来个围城打援，清远的义师没救成，又把侍卫亲军搭进去就惨了，但是清远义师又必须要救，截断粮道和归路虽然能迫使李成栋撤军，但是谁知道，他是攻克前撤还是攻克后撤呢？万一他憋着一股气，一定要攻下清远后再撤呢？
所以还是用水师辅之以一定的陆师充当陆战队救援保险一点，现在制江权在明不在清，北江上已经是明军水师的天下，清军留在清远的一千余人的水师已经不足为患，何时进攻，选在哪里进攻都由已经牢牢掌握了战争主动权的明军水师说了算了。
朱由榔觉得如今己方水师士气正旺，正好趁次机会扩大战果，一举将清远残余的清军水师解决了，彻底断掉李成栋的一只臂膀。
几百艘大小战船，载着五千水师，两千陆师沿着北江一路直上清远，到了清远附近的回岐镇时，才开始出现清军的营寨和码头，明军不管三七二十一，把它们全部打下了，清军的主力水师覆灭，导致这些据点的防御也变得十分薄弱，被明军轻而易举的一个个拿下了。